Pri realizácii ekologických stavieb, známych tiež ako stavby na ochranu životného prostredia, môže byť spodná hydroizolácia zaťažená rôznymi druhmi chemických látok, ako sú napr. ropné produkty, rôzne lúhy alebo kyseliny, kontaminovaná zemina, chemikálie zo záchytných a havarijných nádrží a podobne. Pri výbere je dôležité správne zvoliť typ a hrúbku hydroizolačnej fólie, ktorá má certifikovanú odolnosť voči pôsobeniu daných chemických látok.